Selama wabah pertama yang diketahui di Malaysia, yang juga mempengaruhi Singapura, kebanyakan infeksi pada manusia disebabkan oleh kontak langsung dengan babi yang sakit atau jaringannya yang terkontaminasi.
Penularan diperkirakan terjadi melalui paparan sekresi babi yang tidak terlindungi, atau kontak tanpa pengaman dengan jaringan hewan yang sakit.
Dalam wabah berikutnya di Bangladesh dan India, konsumsi buah-buahan atau produk buah-buahan (seperti jus kurma mentah) yang terkontaminasi dengan urin atau air liur dari kelelawar buah yang terinfeksi adalah sumber infeksi yang paling mungkin.
Saat ini tidak ada penelitian tentang persistensi virus dalam cairan tubuh atau lingkungan termasuk buah-buahan.
Penularan virus Nipah dari manusia ke manusia juga telah dilaporkan di antara keluarga dan perawat pasien yang terinfeksi.
Selama wabah selanjutnya di Bangladesh dan India, virus Nipah menyebar langsung dari manusia ke manusia melalui kontak dekat dengan sekresi dan ekskresi orang. Di Siliguri, India pada tahun 2001, penularan virus juga dilaporkan dalam pengaturan layanan kesehatan, di mana 75% kasus terjadi di antara staf rumah sakit atau pengunjung.
Dari 2001 hingga 2008, sekitar setengah dari kasus yang dilaporkan di Bangladesh disebabkan oleh penularan dari manusia ke manusia melalui pemberian perawatan kepada pasien yang terinfeksi.
