Penyebab dari sindrom MRKH masih belum diketahui sampai saat ini. Misalnya, seperti penelitian pada perubahan beberapa gen yang terlibat dalam perkembangan sebelum kelahiran telah diidentifikasi pada orang dengan sindrom MRKH. Namun, masing-masing hanya ditemukan pada beberapa individu yang terkena dan juga masih tidak jelas apakah perubahan ini menyebabkan sindrom MRKH.
Peneliti berasumsi kelainan reproduksi sindrom MRKH disebabkan oleh perkembangan yang tidak lengkap dari asal usul dari terciptanya saluran reproduksi wanita atau disebut duktus Mullerian. Untuk penyebab perkembangan abnormal dari duktus Mullerian pada individu yang terkena juga tidak diketahui.
Namun, awalnya peneliti menduga bahwa sindrom MRKH disebabkan oleh faktor lingkungan selama kehamilan, seperti obat-obatan atau penyakit ibu. Namun, penelitian selanjutnya belum mengidentifikasi hubungan dengan penggunaan obat ibu tertentu, penyakit, atau faktor lainnya.
Mengutip dari laman rarediseases pada Jumat (22/7/2022), dalam beberapa tahun terakhir semakin banyak bukti menunjukkan bahwa sindrom MRKH adalah kelainan genetik. Beberapa peneliti telah mengusulkan bahwa MRKH berasal dari kelainan yang diturunkan sebagai sifat dominan autosomal dengan penetrasi yang tidak lengkap dan ekspresivitas variabel.
Penyakit genetik ditentukan oleh kombinasi gen untuk sifat tertentu yang ada pada kromosom yang diterima dari ayah dan ibu. Kelainan genetik yang dominan terjadi ketika hanya satu salinan gen abnormal yang dapat memunculkan penyakit. Gen abnormal inilah yang dapat diwariskan dari salah satu orang tua atau merupakan hasil dari mutasi baru (perubahan gen) pada individu yang terkena.
Peneliti menyebut bahwa risiko mewariskan gen abnormal dari orang tua yang terkena kepada keturunannya adalah 50 persen untuk setiap kehamilan terlepas dari jenis kelamin anak yang dihasilkan.
Berdasarkan data yang diambil dari web pemerintahan Amerika Serikat medlineplus, menyatakan bahwa frekuensi dari sindrom akan mempengaruhi sekitar 1 dari 4.500 bayi perempuan yang baru lahir.
