Museum Wayang berdiri di atas tanah bekas Gereja Belanda Baru tersebut terletak di Jl. Pintu Besar Utara No. 27 Jakarta, dan diresmikan pada 13 Agustus 1975 oleh Gubernur Daerah Khusus Ibu Kota Jakarta H. Ali Sadikin.
Tujuan utama pembangunan Museum Wayang adalah untuk membina kebudayaan nasional dan karakter bangsa Indonesia.
Fungsi museum ini untuk menyimpan, merawat dan mempergunakan wayang dari berbagai wilayah di Indonesia maupun dari luar negeri.
Menyimpan koleksi batu-batuan, perabot rumah tangga, dan gambar-gambar dari masa lalu yang berkaitan dengan Jakarta.
Museum tersebut didirikan sehubungan dengan timbulnya kesadaran masyarakat Indonesia pada umumnya - khususnya masyarakat pecinta wayang - bahwa seni budaya yang tinggi dan kaya nilainya itu perlu dipelihara, dikembangkan, dibina, dan dimanfaatkan untuk bangsa dan negara selain dimiliki.
Gedung Museum Wayang memiliki ciri arsitektur Barat (Eropa) dengan dinding tembok yang tebal, langit-langit yang tinggi, daun jendela atau pintu jendela lebar-lebar dan pintu yang terbuat dari kayu jati yang masif.
Terdiri dari dua lantai, bagian bawah dipergunakan untuk kegiatan kantor museum dan sekretariat Yayasan Nawangi.
Di tengah-tengah ruangan terdapat taman yang tenang, mengenangkan pejabat-pejabat tinggi Hindia Belanda yang dikuburkan di tempat tersebut.
Terlihat juga sebuah dinding tinggi dari batu bakar berwarna kecoklat coklatan dan di kedua sisinya tercantum nama-nama gubernur-gubernur jenderal yang pernah dikuburkan.
Museum Wayang menempati sebuah bangunan tua bergaya Eropa, yang dahulu merupakan gereja bagi orang Belanda di Indonesia, dan dipugar sekitar 1736 menjadi bangunan gereja baru.
