Sejak Indonesia dijajah Belanda pada tahun 1600-an, maka wajar jika orang Barat pertama yang mempelajari tempe berasal dari Belanda. Referensi paling awal yang diketahui tentang tempe di Indonesia oleh orang Eropa muncul pada 1875 dalam kamus Jawa-Belanda, JavaanschNederduitsch Handwoordenboek oleh J.F.C. Gericke dan T. Roorda. Istilah itu didefinisikan sebagai “Kedelai yang difermentasi atau balok padat (bunkil) yang dipanggang atau digoreng dengan bolu pipih. Sangat disukai sebagai lauk dengan nasi.”
Istilah tersebut tidak muncul dalam kamus Marsden tahun 1812, tetapi kemudian ia berada di Sumatera dan tempe paling banyak ditemukan di Jawa. Pada tahun 1895 ahli mikrobiologi dan kimiawan Belanda, H.C Prinsen Geerligs, melakukan upaya pertama untuk mengidentifikasi kapang tempe dalam artikel klasiknya yang berjudul “Eenige Chineesche voedingsmiddelen uit Sojaboonen bereid” (Beberapa Makanan China yang Dibuat dengan Kacang Kedelai).
Setelah menjelaskan kecap Indonesia dan miso (taucho), dia mencatat, cetakan lain digunakan untuk membuat biji kacang polong menjadi makanan yang lebih mudah dicerna. Jadi balok padat, yang tersisa setelah membuat minyak kacang dan akan menjadi tidak dapat dicerna tanpa persiapan lebih lanjut, menjadi sasaran aksi jamur.
Di Jawa bagian tengah dan timur Chlamydomucor Oryzae [sekarang dikenal sebagai Amylomyces rouxii] digunakan, sedangkan di Jawa bagian barat digunakan cetakan oranye dari famili Oospore (Neurospora). Kasus, makanannya disebut ‘bongkrek’ dan yang terakhir ‘ontjom.’
Jika kedelai dicetak dengan Chlamydomucor, bumbunya disebut ‘tempets.’ Dalam persiapannya, biji direbus, dioleskan, dicampur dengan sedikit kue cetakan dari adonan sebelumnya, dan dibiarkan sebentar, sampai massa terikat menjadi kue padat. Setahun kemudian, ketika artikel ini diterbitkan dalam bahasa Jerman, Ia mengoreksi dua kesalahan yang dibuat dalam versi Belanda tahun 1895.
Dia mengubah nama cetakan dari Chlamydomucor Oryzae menjadi Rhizopus Oryzae dan mengubah nama produk dari ‘tempets’ menjadi ‘tempe.’ Dia menambahkan dalam kesimpulan bahwa “Akhirnya diiris dan dinikmati, dibentuk dan semuanya.”
Namun dia melanjutkan, tampaknya keliru, untuk menyebut tempe sebagai makanan kedelai China. Dua artikel Prinsen Geerligs mengantarkan era penelitian ilmiah tentang tempe oleh ahli mikrobiologi dan ilmuwan makanan Eropa.
Prinsen Geerligs dan rekan Belandanya F.A. Went sangat tertarik pada pemanfaatan produk sampingan dari industri gula baru yang berkembang di Jawa. Mereka menulis banyak artikel tentang gula, tetapi juga mempelajari tapeh, arak, dan makanan fermentasi Indonesia lainnya. Pada tahun 1901, Went, kemudian di Utrecht, Belanda, menggambarkan oncom (sebelumnya dieja ‘ontjom,’ kerabat dekat tempe) dan mempelajari jamur yang terlibat, yang disebutnya Monilia sitophila, sekarang disebut Neurospora.
Pada tahun 1900 dan 1901 Wehmer Jerman belajar Ragi Jawa (kue kultur pemula, juga disebut ‘ragi China’) kadang-kadang digunakan untuk membuat tempe. Pada tahun 1917 Prinsen Geerligs membahas tempe sebagai makanan yang dibuat menggunakan enzim alami di industri rumah tangga Asia Timur.
Pada tahun 1900 orang Belanda Dr. P.A. Boorsma, yang tinggal di Jawa dan melakukan tes laboratorium asli, menerbitkan artikel 13 halaman yang sangat bagus tentang kedelai. Penjelasan rinci 4 halaman tentang proses tradisional pembuatan Tempe kedeleh, Boorsma melaporkan bahwa kedelai direbus terlebih dahulu, direndam dalam air selama 2-3 hari, ditiriskan, dikukus dalam kukusan, ditaburkan di atas anyaman bambu setebal beberapa sentimeter nampan di rak, dan ditutup sepenuhnya dengan daun pisang.
Mereka kemudian diinokulasi dengan mencampurkan ‘residu yang mengandung cetakan dari sediaan sebelumnya’ dan ditutup tipis dengan daun pisang. Boorsma kemudian menjelaskan kenaikan suhu hingga 10-12ºC di atas suhu lingkungan selama fermentasi tempe, pembentukan amonia dalam tempe setelah 3 hari fermentasi, dan kemungkinan bahwa cerita tentang tempe nonsoy menyebabkan keracunan makanan adalah benar adanya.
Setelah pemeriksaan mikroskopis, da menyimpulkan bahwa Prinsen Geerligs dan yang lainnya keliru dalam menyatakan bahwa hifa kapang menembus dan melarutkan dinding sel kedelai yang keras; dan selulosa menurun selama fermentasi tempe. Ia mempelajari perubahan kimia dan komposisi pada empat tahap yang berbeda selama fermentasi tempe 3 hari, mengamati bahwa lemak dan karbohidrat terlarut menurun secara substansial, sedangkan nitrogen hanya sedikit menurun. Ia juga membahas hidrolisis lipid kedelai dan alasan tempe lebih mudah dicerna daripada kedelai utuh.
Orang Indonesia pertama yang melakukan penelitian ilmiah tentang tempe adalah Ibu Yap Bwee Hwa - seorang Tionghoa Indonesia yang namanya berasal dari dialek Hokkian di provinsi Fujian (Fukien). Penelitiannya dipublikasikan pada 1984. Dia tertarik mengkaji tempe sebagai makanan bergizi untuk bayi dan anak-anak karena tingginya angka kematian bayi di Indonesia yang disebabkan oleh kekurangan gizi.
Sementara itu, pada 1961, Ko Swan Djien menjadi orang Indonesia kedua yang mempublikasikan penelitian ilmiah tentang tempe. Djien memainkan peran kunci dalam memperkenalkan tempe ke Barat dan memberikan citra yang lebih baik di Indonesia, termasuk informasi rinci tentang pembuatan tempe dan resep di Indonesia. Setelah itu, banyak peneliti yang mengikuti jejak mereka untuk mengkaji tentang tempe. Hanya saja, tetap belum ada catatan resmi bagaimana perkembangan dan sejarah awal tempe di Indonesia.