Namun, kadang-kadang, virus dapat menyebabkan masalah parah. Ini terjadi ketika ia bergerak menuruni saluran pernapasan dan menginfeksi paru-paru, yang bahkan lebih kaya dalam sel dengan reseptor Ace-2. Banyak dari sel-sel ini dihancurkan, dan paru-paru menjadi padat dengan potongan-potongan sel yang rusak. Dalam kasus ini, pasien akan memerlukan perawatan dalam perawatan intensif.
Lebih buruk lagi, dalam beberapa kasus, sistem kekebalan seseorang mengalami overdrive, menarik sel ke paru-paru untuk menyerang virus, yang mengakibatkan peradangan. Proses ini dapat berjalan di luar kendali, lebih banyak sel-sel kekebalan masuk, dan peradangan semakin memburuk. Ini dikenal sebagai badai sitokin. (Dalam bahasa Yunani, "cyto" berarti sel dan "kino" berarti gerakan.) Dalam beberapa kasus, ini dapat membunuh pasien.
Hanya mengapa badai sitokin terjadi pada beberapa pasien tetapi tidak pada sebagian besar tidak jelas. Satu kemungkinan adalah bahwa beberapa orang memiliki versi reseptor Ace-2 yang sedikit lebih rentan terhadap serangan dari coronavirus daripada kebanyakan orang.